張家港保稅區於1992年10月16日經國務院批准設立，是我國唯一的內河港型保稅區和唯一的位於縣級口岸的保稅區，規劃面積4.1平方公里，主要功能爲出口加工、保稅倉儲、國際貿易和商品展示。2001年5月，經江蘇省人民政府批准，設立了江蘇揚子江國際化學工業園，作爲保稅區的配套加工區，規劃面積24平方公里，享受保稅區的有關優惠政策。
2004年8月16日，張家港保稅物流園區經國務院批准設立，是張家港保稅區的配套物流區，享受保稅區和出口加工區的相關政策。
2008年，張家港保稅區和保稅物流園區經國務院批准進行了區域整合，成功申報了保稅港區，規劃面積4.1平方公里。同年，保稅區與金港鎮實施管理體制調整，區鎮按照“統一規劃建設、統一經濟發展、統一組織人事、統一審批權限、統一財政結算、統一公共事務”等“六個統一”的原則進行區鎮合一。
至此，保稅區的規劃管轄範圍從1992年的4.1平方公里拓展到目前大金港片區147平方公里，初步形成了由保稅港區、揚子江化工園、環保新材料產業園、資源再生示範園、重型裝備工業園、濱江新城、雙山香山旅遊區等組成的多元化載體發展格局。